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定點(diǎn)突變

目前,由PCR介導(dǎo)的定點(diǎn)突變相比于其他突變技術(shù)具有周期短、成功率高、不受酶切位點(diǎn)限制等優(yōu)點(diǎn),是使用最普遍的定點(diǎn)突變方法。

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實(shí)驗(yàn)介紹

【技術(shù)原理】

DNA分子中由于發(fā)生堿基對(duì)的增添、缺失或改變進(jìn)而引起基因結(jié)構(gòu)的改變,稱為基因突變。定點(diǎn)突變 (mutagenesis)是通過PCR等方法向目的DNA片段中引入突變,包括堿基的添加、刪除、點(diǎn)突變等。該技術(shù)能迅速、高效地改變DNA所表達(dá)的目的蛋白的性狀及表征,是研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能之間復(fù)雜關(guān)系的有力工具,也是研究人員在實(shí)驗(yàn)室中改造、優(yōu)化基因常用的一種非常有用的手段。目前,由PCR介導(dǎo)的定點(diǎn)突變相比于其他突變技術(shù)具有周期短、成功率高、不受酶切位點(diǎn)限制等優(yōu)點(diǎn),是使用最普遍的定點(diǎn)突變方法。


【實(shí)驗(yàn)流程】

定點(diǎn)突變.png

案例展示


常見問題

常見問題1:質(zhì)粒模板無法正常擴(kuò)增

可能原因及解決方法:

(1)引物設(shè)計(jì)有誤:核對(duì)引物設(shè)計(jì)方案;

(2)擴(kuò)增體系配制錯(cuò)誤:重復(fù)實(shí)驗(yàn);

(3) 擴(kuò)增反應(yīng)條件不優(yōu)化:調(diào)整Mg濃度、酶量、擴(kuò)增程序;

(4)模板質(zhì)粒質(zhì)量偏差:長期放置、反復(fù)凍融會(huì)導(dǎo)致模板質(zhì)粒斷裂、開環(huán)或降解,應(yīng)使用新鮮制備的質(zhì)粒作為模板。

 

常見問題2:平板上長不出克隆或克隆數(shù)目很少

可能原因及解決方法:

(1)感受態(tài)效率低:使用新制備或妥善凍存的感受態(tài)細(xì)胞,確保轉(zhuǎn)化效率>cfuμg。每次可設(shè)置一組轉(zhuǎn)化質(zhì)粒的對(duì)照實(shí)驗(yàn),以檢測(cè)感受態(tài)細(xì)胞的轉(zhuǎn)化效率;

(2)重組反應(yīng)體系中DNA量不足,或者比例不佳(雙堿基突變):盡量按照推薦DNA的量配制反應(yīng)體系;

(3) 重組環(huán)化反應(yīng)體系中DNA不純,抑制反應(yīng):未純化DpnI消化產(chǎn)物加入重組反應(yīng)體系內(nèi)的總體積不應(yīng)超過μl(反應(yīng)體系體積)。嘗試對(duì)DpnI消化產(chǎn)物進(jìn)行膠回收純化;

(4)感受態(tài)細(xì)胞中加入了過多的反應(yīng)產(chǎn)物:反應(yīng)產(chǎn)物的轉(zhuǎn)化體積不應(yīng)超過感受態(tài)細(xì)胞體積的,否則會(huì)降低轉(zhuǎn)化效率;

(5)出現(xiàn)轉(zhuǎn)化抑制效應(yīng):當(dāng)轉(zhuǎn)化的DNA濃度太高時(shí),會(huì)抑制轉(zhuǎn)化反應(yīng)。將重組反應(yīng)產(chǎn)物稀釋倍后取進(jìn)行轉(zhuǎn)化。

 

常見問題3:定點(diǎn)突變未正確完成

可能原因及解決方法:

(1)引物設(shè)計(jì)錯(cuò)誤:核對(duì)引物設(shè)計(jì)方案;

(2)擴(kuò)增反應(yīng)所用模板為非甲基化的質(zhì)粒:DpnI只能識(shí)別甲基化DNA,請(qǐng)務(wù)必使用從甲基化酶無缺陷的宿主菌中擴(kuò)增的質(zhì)粒作為PCR模板;

(3)擴(kuò)增反應(yīng)使用過多的模板質(zhì)粒:對(duì)于大多數(shù)質(zhì)粒,ng模板量已足以使擴(kuò)增反應(yīng)正常進(jìn)行,過多的質(zhì)粒模板將會(huì)導(dǎo)致DpnI消化不完全,降低突變成功率。

 

常見問題4:非目標(biāo)位點(diǎn)突變

可能原因及解決方法:

(1)模板質(zhì)粒攜帶未知位點(diǎn)突變:測(cè)序確認(rèn)模板質(zhì)粒序列正確性。

(2)擴(kuò)增循環(huán)數(shù)過多:為了防止擴(kuò)增過程中引入非目標(biāo)突變,擴(kuò)增循環(huán)數(shù)不宜超過30。如果擴(kuò)增效率良好的話,推薦擴(kuò)增循環(huán)數(shù)應(yīng)不超過35。

送檢與交付標(biāo)準(zhǔn)

樣品類型樣品需求保存條件運(yùn)輸條件備注
動(dòng)物組織單個(gè)樣品>0.1g,2mlEP管或凍存管裝,不要過量;樣本應(yīng)盡量新鮮,如不能立即提取蛋白或核酸,應(yīng)液氮速凍后凍存于-80℃或更低,凍存樣本避免反復(fù)凍融以致降解-80℃干冰所有樣本均須有唯一標(biāo)記,且標(biāo)記清晰可識(shí)
種子樣本去殼新鮮或保存于液氮中的的種子樣本,單個(gè)樣品>0.2g。-80℃干冰
貼壁/懸浮細(xì)胞

1. 總RNA或蛋白:106cell/指標(biāo)、漿/核RNA或蛋白:107cell/指標(biāo)、線粒體RNA或蛋白:2*107     cell/指標(biāo),樣本盡量新鮮,細(xì)胞收取后直接加Trizol(QPCR檢測(cè))或直接凍存于-80℃       

2. 若細(xì)胞處理(加藥、轉(zhuǎn)染、感染)后狀態(tài)差應(yīng)酌情加大收樣量

-80℃干冰
全血/血清樣品用抗凝管保存的外周血 5~10ml,骨髓 1~3ml; -80℃保存不超半周的白細(xì)胞勻漿>400μl,每 400μl 加入 400μl Trizol。-80℃干冰
石蠟包埋樣品由標(biāo)準(zhǔn)的石蠟包埋盒包埋的石蠟塊,有效厚度大于 0.1cm; 新鮮的 FFPE 組織切片,每片厚度不超過 10μm,2~8 張,表面積不超過 250mm2。-20℃冰袋
抗體

1. 按樣本種屬提供滿足相應(yīng)實(shí)驗(yàn)要求的抗體;

2. 按抗體說明書要求寄送,盡量避免分裝;如分裝,確保量足夠進(jìn)行實(shí)驗(yàn),并提供抗體說明書。

3.保存抗體的抗體管上應(yīng)有能夠識(shí)別此抗體的標(biāo)記,抗體的量應(yīng)大于實(shí)驗(yàn)所需的量。

-20℃冰袋
引物干粉,≥1OD,如進(jìn)行預(yù)實(shí)驗(yàn),每個(gè)基因至少提供兩對(duì)引物, 附帶公司引物合成單。-20℃冰袋或常溫




細(xì)胞交付標(biāo)準(zhǔn).jpg

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