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CHIP、RIP、COIP有什么區(qū)別?——CHIP/RIP/COIP檢測(cè)外包

2022-03-05 16:25:22

來(lái)源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺(tái)

   CHIP 染色質(zhì)免疫共沉淀、 RIP RNA結(jié)合免疫蛋白沉淀、 CO-IP 免疫共沉淀的區(qū)別與不同由普拉特澤生物的分子檢測(cè)平臺(tái)實(shí)驗(yàn)室總結(jié)分享,從定義、檢測(cè)方法、研究目的等三個(gè)方面來(lái)給大家詳細(xì)解釋,普拉特澤承接線下包括分子、細(xì)胞、組織染色等各項(xiàng)生物科研實(shí)驗(yàn)外包服務(wù),同時(shí)旗下科研培訓(xùn)品牌《春風(fēng)學(xué)院》還為廣大科研人員提供線上下實(shí)驗(yàn)技術(shù)培訓(xùn),come everybody !一起學(xué)習(xí)吧。

   首先我們來(lái)看看,什么是IP(免疫沉淀)技術(shù)?

   IP技術(shù)免疫沉淀(Immunoprecipitation,IP)是利用抗原抗體特異性反應(yīng)純化富集樣品中目的蛋白的一種方法。通常使目標(biāo)蛋白同抗體-protein A/G形成免疫復(fù)合物沉淀而得以收集。

   根據(jù)不同種類的檢測(cè)目標(biāo),我們可以將IP技術(shù)分為:CHIP、RIP、ChIP

   IP富集蛋白,檢測(cè)與其結(jié)合的DNA的方法即為ChIP;

   IP富集蛋白,檢測(cè)與其結(jié)合的RNA的方法即為RIP;

   IP富集蛋白,檢測(cè)與其結(jié)合的蛋白的方法即為COIP。

   
   接下來(lái)就一一介紹這個(gè)
IP家族的3兄弟:

   ChIP(染色質(zhì)免疫沉淀法):

   染色質(zhì)免疫沉淀法 (ChIP)是一種基于抗體的技術(shù),可用來(lái)選擇性地使DNA 結(jié)合蛋白及其 DNA 靶標(biāo)富集。ChIP 可用來(lái)研究某種特殊的蛋白-DNA 相互作用、多種蛋白-DNA 相互作用或全基因組或部分基因內(nèi)的相互作用。通常,ChIP 用來(lái)檢測(cè)某種特異蛋白或某種特異蛋白修飾在某個(gè)基因組區(qū)域的相對(duì)豐度。并依賴于使用一種抗體從細(xì)胞或組織提取物蛋白混合物中分離某種蛋白、組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子或輔因子及其結(jié)合的染色質(zhì),或使之沉淀。因此,這種技術(shù)的名稱為:染色質(zhì)免疫沉淀法。在 ChIP-PCR 或 ChIP-seq 中,使用廣泛提供的 PCR 或 qPCR 試劑和下一代測(cè)序 (NGS) 技術(shù)便能檢測(cè)和定量免疫富集的 DNA 片段。ChIP 可以用來(lái)回答大量涉及蛋白和染色質(zhì)相互作用的科學(xué)問(wèn)題。例如,ChIP 可用來(lái)比較某些蛋白在各位點(diǎn)上的存在情況,繪制某個(gè)目的基因組區(qū)域內(nèi)的各種蛋白圖,或定量能夠在受到刺激一段時(shí)間后結(jié)合誘導(dǎo)基因的蛋白。


   RIP(RNA免疫沉淀法):

   RIP技術(shù)(RNA Binding Protein Immunoprecipitation,RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀),是研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù),是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)過(guò)程的有力工具,能幫助我們發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點(diǎn)。RIP這種新興的技術(shù)運(yùn)用針對(duì)目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來(lái),然后經(jīng)過(guò)分離純化就可以對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行分析。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應(yīng)用,但由于研究對(duì)象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物,RIP實(shí)驗(yàn)的優(yōu)化條件與ChIP實(shí)驗(yàn)不太相同(如復(fù)合物不需要固定,RIP反應(yīng)體系中的試劑和抗體絕對(duì)不能含有RNA酶,抗體需經(jīng)RIP實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證等等)。RIP技術(shù)下游結(jié)合microarray技術(shù)(微陣列)被稱為RIP-Chip,幫助我們更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。

   CoIP(免疫共沉淀法):   

   免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation,CO-IP)是利用抗原與抗體之間的專一性作用,用于研究蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間相互作用的經(jīng)典方法。利用免疫共沉淀可以檢測(cè)兩個(gè)已知蛋白之間的相互作用,或者利用已知蛋白尋找與之相互作用的未知蛋白。是將樣品中同抗體靶蛋白相互作用的蛋白一同隨免疫復(fù)合物沉淀,可以檢測(cè)兩種目標(biāo)蛋白質(zhì)是否在體內(nèi)存在相互作用,也可以確定一種蛋白在體內(nèi)的相互作用蛋白。免疫共沉淀的設(shè)計(jì)理念是,假設(shè)一種已知蛋白是某個(gè)大的蛋白復(fù)合物的組成成員,那么利用這種蛋白的特異性抗體,就可能將整個(gè)蛋白復(fù)合物從溶液中“拉”下來(lái)(常說(shuō)的“pull-down”),進(jìn)而可以用于鑒定這個(gè)蛋白復(fù)合物中的其他未知成員。免疫共沉淀的特點(diǎn)可以概括為兩點(diǎn),第一是天然狀態(tài),第二是蛋白復(fù)合物。



COIP 蛋白互作


   那么到這里關(guān)于chip、rip、coip的區(qū)別于不同我們就講完啦,大家都學(xué)會(huì)了嗎?歡迎踴躍留言補(bǔ)充其他的區(qū)別或者留下你的問(wèn)題給客服,咱們技術(shù)會(huì)給到很細(xì)致的回復(fù)哦。







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