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   CHIP實(shí)驗(yàn)的簡(jiǎn)介與原理由普拉特澤生物旗下科研培訓(xùn)品牌——春風(fēng)學(xué)院為大家總結(jié)分享。CHIP是普拉特澤分子檢測(cè)平臺(tái)的常規(guī)實(shí)驗(yàn)，有著極其成熟的技術(shù)經(jīng)驗(yàn)，實(shí)操熟練，周期短，我們專業(yè)承接CHIP等各類生物醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)外包服務(wù)，值得信賴~

   CHIP即染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation），是在全基因組水平研究生命體組織或細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的一種技術(shù)方法。

   核酸和蛋白質(zhì)是組成生命的主要生物大分子，兩者的相互作用是構(gòu)成生命活動(dòng)的生長(zhǎng)、繁殖、運(yùn)動(dòng)、遺傳和代謝等生命活動(dòng)的基礎(chǔ)。研究蛋白質(zhì)和核酸間的相互作用是人們探索生命現(xiàn)象奧秘的關(guān)鍵，CHIP檢測(cè)實(shí)驗(yàn)是應(yīng)用于蛋白與核酸互作關(guān)系的重要參考。

   CHIP利用抗原抗體反應(yīng)的特異性，可以真實(shí)地反映蛋白質(zhì)與基因組DNA結(jié)合的狀況。特別是由于該技術(shù)不斷的發(fā)展和完善，其應(yīng)用范圍已經(jīng)從研究目的蛋白與已知靶序列間的相互作用，發(fā)展到研究目的蛋白與整個(gè)基因組的未知序列的相互作用；從研究一個(gè)目的蛋白與DNA的相互作用，發(fā)展到研究?jī)蓚€(gè)蛋白與DNA共同結(jié)合的相互作用；從研究啟動(dòng)子區(qū)域的組蛋白的修飾，發(fā)展到研究結(jié)合在DNA序列上的蛋白復(fù)合物。

   CHIP染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)的原理是：在生理狀態(tài)下把細(xì)胞內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)在一起，通過超聲或酶處理將染色質(zhì)切為小片段后，利用抗原抗體的特異性識(shí)別反應(yīng)，將與目的蛋白相結(jié)合的DNA片段沉淀下來。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)一般包括細(xì)胞固定，染色質(zhì)斷裂，染色質(zhì)免疫沉淀，交聯(lián)反應(yīng)的逆轉(zhuǎn)，DNA的純化，以及DNA的鑒定。因?yàn)?/span>ChIP實(shí)驗(yàn)涉及的步驟多，結(jié)果的重復(fù)性較差，所以對(duì)ChIP實(shí)驗(yàn)過程的每一步都應(yīng)設(shè)計(jì)相應(yīng)的對(duì)照，而且對(duì)結(jié)果的分析也需要有一定的經(jīng)驗(yàn)。

   CHIP的類型：最常見的單基因分析和全基因組分析方法分別是qPCR 和CHIP-seq。

   CHIP-PCR的優(yōu)點(diǎn)：CHIP-PCR可用來分析基因組中一部分已知靶標(biāo)位點(diǎn)上的組蛋白修飾和/或蛋白結(jié)合情況。在CHIP-PCR 中，使用廣泛提供的PCR 或qPCR 試劑和技術(shù)可檢測(cè)和定量免疫富集的DNA片段。使用CHIP-qPCR 可以對(duì)多種樣品中的特定基因組區(qū)域進(jìn)行快速和定量比較。這比全基因組測(cè)序方法更便宜，更省時(shí)。

   ChIP-芯片的優(yōu)點(diǎn)：ChIP-芯片技術(shù)是指使用一個(gè)DNA 微陣列芯片來分析經(jīng)CHIP免疫富集的DNA片段。使用基因組覆瓦式微陣列技術(shù)可以對(duì)結(jié)合分離 DNA 的蛋白進(jìn)行全基因組分析，并產(chǎn)生一個(gè)高分辨率的有關(guān)蛋白結(jié)合和蛋白修飾的基因組圖。CHIP-芯片在基礎(chǔ)研究和疾病研究中有多種用途。例如，可用來檢測(cè)轉(zhuǎn)錄因子、增強(qiáng)子和阻遏蛋白的結(jié)合位點(diǎn)，并比較對(duì)照和病理性樣品中的這些結(jié)合蛋白種類。但NGS的成本大幅下降，并且使用CHIP-seq 也能獲得類似結(jié)果，因此更多的人會(huì)選擇進(jìn)行CHIP-seq，而不是CHIP-芯片。

    ChIP-seq的優(yōu)點(diǎn)：與ChIP-芯片類似，CHIP-seq 提供有關(guān)全基因組蛋白結(jié)合的信息。但不像CHIP-芯片，CHIP-seq 使用 NGS 技術(shù)來檢測(cè) DNA 片段，并根據(jù)整個(gè)基因組將其繪制成圖。有了更現(xiàn)代的DNA 擴(kuò)增技術(shù)，可以在數(shù)日之內(nèi)對(duì)少量輸入DNA 進(jìn)行穩(wěn)健分析。當(dāng)起始材料較稀有時(shí)，在庫(kù)制備方法方面取得的這些技術(shù)性進(jìn)展會(huì)使ChIP-seq 實(shí)驗(yàn)成為可能。此外，有了使用短序列（稱為條形碼）獨(dú)特地標(biāo)記DNA樣品的新技術(shù)，現(xiàn)在可以將個(gè)別片段匯集到一個(gè)測(cè)序泳道中，以便進(jìn)行多重分析。這大大提升了DNA 測(cè)序?qū)嶒?yàn)的效率，并降低了成本，從而進(jìn)一步支持CHIP seq 應(yīng)用。

   好啦，關(guān)于ChIP實(shí)驗(yàn)的簡(jiǎn)介我們就講完啦，還有不懂的或者需要補(bǔ)充的同學(xué)歡迎隨時(shí)留言補(bǔ)充，為文章添磚加瓦讓其更全面。想要視頻學(xué)習(xí)的同學(xué)請(qǐng)戳：CHIP實(shí)驗(yàn) 理論+實(shí)操