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   CHIP染色質(zhì)免疫共沉淀實驗操作常見問題原因及由普拉特澤生物旗下生物科研培訓(xùn)品牌《春風(fēng)學(xué)院》總結(jié)分享，我們提供線上下CHIP檢測實操視頻培訓(xùn)和線下CHIP實驗外包服務(wù)，擁有自己的實驗室與優(yōu)秀的技術(shù)團(tuán)隊，真實值得信賴。

   下面我們就來看看，CHIP實驗操作過程中，有哪些容易出現(xiàn)的問題，一起來看看怎么解決吧。

   問題一：非特異性 抗體對照背景高

   解決方法：非特異性結(jié)合 Protein A 或G beads，將標(biāo)本和beads混合孵育1h后去除，然后再加入抗體進(jìn)行反應(yīng)（包括預(yù)純化標(biāo)本步驟）

   問題二：ChIP 緩沖液污染了

   解決方法： 重新配制新的緩沖液

   問題三：有些Protein A or G beads 產(chǎn)生高背景

   解決方法：盡量使用在非特異性對照中背景很低的Protein A/G beads

   問題四：CHIP結(jié)果背景高、電泳結(jié)果難以分辨大小

   解決方法：原因可能是DNA片段太大， 對不同類型的細(xì)胞，DNA 片段化過程要進(jìn)行優(yōu)化。破碎后的DNA片段不應(yīng)該大于1.5 kbp. 如果使用酶消化染色質(zhì)的話，應(yīng)該可以看到單個核小體的存在 (175 bp)

   問題五：信號弱

   解決方法：原因可能是染色質(zhì)的片段太小了， 染色質(zhì)超生破碎的大小不能小于500bp。太小的片段會使的核小體被誤認(rèn)為核小體間的DNA而被消化掉。如果做N-ChIP，酶切反應(yīng)足夠來片段化染色質(zhì)了

   問題六：染色質(zhì)用量不足

   解決方法：推薦每次實驗染色質(zhì)的用量是25 μg

   問題七：CHIP免疫沉淀用抗體量不足

   解決方法：推薦使用3-5 μg抗體進(jìn)行初次實驗，如果沒有信號則可以增加到10 μg的用量

   問題八：特異性的抗體結(jié)合被清除了

   解決方法：洗液中的NaCl 濃度不能高于500 mM ，因為這個濃度過強(qiáng)，有可能會消除特異性的抗體結(jié)合

   問題九：ChIP檢測的細(xì)胞沒有被完全裂解

   解決方法：推薦使用RIPA buffer裂解細(xì)胞

   問題十：PCR擴(kuò)增出現(xiàn)問題

   解決方法：如果所有標(biāo)本包括模板對照 PCR結(jié)果信號均過高，那么應(yīng)該是Real-time PCR溶液污染了，換用新鮮配制的新溶液重新進(jìn)行PCR

   問題十一：標(biāo)本PCR結(jié)果陰性

   解決方法：使用 standard/input DNA確認(rèn)引物是否正確

   好啦，關(guān)于ChIP實驗操作時的常見問題以及解決方法我們就介紹到這里啦，還有更多要補(bǔ)充的歡迎留言哦！