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CHIP實驗操作注意事項干貨!【附視頻教程】

2022-04-13 15:16:34

來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學整體課題外包平臺

   大家好!今天我們分享的就是分子檢測中的CHIP實操注意事項,本文由普拉特澤生物分子檢測平臺為大家總結(jié)分享。CHIP作為咱們的常規(guī)實驗,也已經(jīng)接了無數(shù)個外包的CHIP實驗了,每次實驗前總是有人跟技術(shù)吐槽,明明我就是照著人家操作步驟做的呀,為什么我的結(jié)果就出不來或者一點都不理想呢?難道人家分享步驟的時候缺了一點獨門秘方不外傳的嗎?

   本文從培養(yǎng)基內(nèi)活細胞數(shù)量、交聯(lián)時間長短、消化后的片段大小、抗體的種類和特異性、常規(guī)實驗操作技術(shù)等六個方面給大家詳細講解chip實驗操作過程中的注意事項,讓大家都能做好CHIP實驗,得到一個好的結(jié)果。


   首先,活細胞的數(shù)量。

   研究的DNA-蛋白豐度直接決定了CHIP實驗所需的細胞數(shù)量,沒有固定的數(shù)量標準,這些都需要預實驗充分摸索。活細胞計數(shù)后,如果最終用于CHIP實驗的細胞數(shù)量太高,將直接導致甲醛交聯(lián)時間增加,間接導致細胞數(shù)量/微球菌核酸酶比例增大,這些均可造成裂解的DNA小片段過長(超過1000bp),實驗處理過程中極易丟失這些片段,最終也會造成PCR檢測困難或失敗。最佳的DNA片段長度是150bp-300bp。相反,如果過細胞數(shù)量太少,則導致細胞數(shù)量/微球菌核酸酶比例減小,最終得到的DNA片段極可能小于100bp

   然后,甲醛交聯(lián)時間。

   1%終濃度的甲醛交聯(lián)時間推薦5-6分鐘。時間過久,會造成裂解的DNA小片段過長(超過1000bp)。時間太短,會導致交聯(lián)不完全,實驗過程中導致一部分的DNA-蛋白質(zhì)復合物分離,最終分析的結(jié)果必然是不準確的。

   第三,對照組的設(shè)置。

   CHIP實驗內(nèi)對照:染色質(zhì)斷裂后,須按一定比例留取部分染色質(zhì)溶液,此Input DNA(斷裂后的基因組DNA)作為CHIP實驗的內(nèi)對照。內(nèi)對照不僅可以驗證染色質(zhì)斷裂的效果。如果按照取樣比例換算,還可以根據(jù)Input DNA中靶序列的含量和染色質(zhì)沉淀中的靶序列含量,推算CHIP實驗效率,所以Input內(nèi)對照是必須要設(shè)置的。

   陽性抗體對照:目的抗體沉淀DNA-蛋白復合物時,必須需設(shè)置陽性抗體對照組。陽性抗體通常選擇與已知序列相結(jié)合的、各物種之間比較保守的蛋白抗體,常用組蛋白抗體。

   抗體陰性對照:目的抗體沉淀蛋白DNA復合物時,必須需設(shè)置陰性抗體對照組。陰性對照所使用的抗體可以選擇目的蛋白抗體宿主的血清蛋白。

   第四、目標蛋白抗體

   CHIP實驗中,一定一定要使用已經(jīng)過CHIP驗證的抗體,因為染色質(zhì)沉淀步驟時,蛋白和DNA處在交聯(lián)狀態(tài),目標蛋白的結(jié)合位點形成空間阻礙,導致抗體無法與目標蛋白結(jié)合形成復合物。此外,抗體的濃度、孵育時間、孵育溫度需要根據(jù)目標蛋白的豐度決定。目標蛋白豐度較低時,可能需要調(diào)整活細胞數(shù)量、過夜4℃孵育等。

   第五、常規(guī)實驗操作

   CHIP實驗過程較長,過程繁瑣,需要反復的洗柱、離心、吸液、換管、孵育、震蕩。操作說起來很簡單,但是每一步都需要小心操作,非??简灮竟?,希望大家多多注意。

   第六步、實驗結(jié)果分析

   對于Input DNA組,采用1.8%瓊脂糖凝膠電泳,結(jié)果應(yīng)該是片段集中于150bp350bp之間,這樣長度的DNA片段才是符合要求的。進一步,內(nèi)對照組、陰性抗體對照組、陽性抗體對照組的純化DNA先采用PCR擴增,隨后通過1.8%瓊脂糖凝膠電泳,得到的結(jié)果應(yīng)該是這樣的:空白對照組無條帶、陰性抗體對照組條帶若或無、內(nèi)對照組強條帶、陽性對照組看到強條帶。只有這樣的結(jié)果才是成功的。后續(xù)才能進行RT-PCR實驗。

   滴滴滴,CHIP實驗操作的注意事項我們就講完啦!只有把這六個方面全部抓住,你的chip結(jié)果才能好看又高質(zhì),如果您覺得有難度,普拉特澤也可以給您代做CHIP實驗哦,一定能給您交出一份滿意的實驗報告,您想自己親力親為我們也給大家準備了視頻教程,點擊CHIP 實驗理論+實操》趕緊學起來吧!


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