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Autophagy教你怎樣做自噬的泛素化調(diào)節(jié)

2022-02-08 12:00:21

來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺

SQSTM1/p62這個很熟悉吧?

做自噬研究的小朋友應(yīng)該都對它十分了解了。

不熟悉的小朋友請往下看:


SQSTM1/p62作為信號樞紐和選擇性自噬受體,參與包涵體的形成和自噬過程。

自噬途徑的許多關(guān)鍵成分都經(jīng)歷了泛素化修飾,而這種修飾已被證明在自噬調(diào)控中發(fā)揮重要作用。

SQSTM1的泛素化也會發(fā)生,并且在泛素脅迫下顯著升高。泛素化已經(jīng)被證明可以調(diào)節(jié)SQSTM1的活性。


前期研究發(fā)現(xiàn)了幾種重要的泛素連接酶,根據(jù)它們的泛素化位點(diǎn),抑制或促進(jìn)SQSTM1的功能,我已經(jīng)幫大家整理好了:


TRIM21

E3泛素連接酶TRIM21:直接與PB1結(jié)構(gòu)域內(nèi)的lysine 7 (K7)位點(diǎn)SQSTM1相互作用并泛素化。這種泛素化作用顯著削弱SQSTM1的寡聚化,進(jìn)而抑制了其隔離功能。


RNF166

E3連接酶RNF166:催化K29,K33,K91,和K189位點(diǎn)上的多聚泛素化。RNF166介導(dǎo)的泛素連接酶活性促進(jìn)SQSTM1在細(xì)胞內(nèi)細(xì)菌的外食性降解中的作用。


NEDD4

E3泛素連接酶NEDD4:與SQSTM1相互作用并泛素化以實(shí)現(xiàn)包涵體自噬。


Cullin 3

KEAP1-CUL3 (cullin 3):在其UBA結(jié)構(gòu)域的K420處泛素化SQSTM1,以增強(qiáng)SQSTM1的隔離活性和自噬降解。K420的泛素化可能會破壞二聚化,從而釋放SQSTM1識別多泛素化載體的能力以進(jìn)行選擇性自噬。泛素脅迫誘導(dǎo)K420的泛素化,從而提高大體積和選擇性自噬的通量。

以上都是泛素化酶對SQSTM1的作用。但目前,SQSTM1特異性的去泛素化酶還未被鑒定出來。

那么,本文的主角

就要出場啦!


看表情包干嘛?一起愣著,別學(xué)習(xí)??!


本文高光:

1. USP8(泛素特異性肽酶8)直接與SQSTM1相互作用并去泛素化。優(yōu)先去除SQSTM1中賴氨酸11 (K11)連接的泛素鏈。

2. USP8主要在其UBA域內(nèi)K420位點(diǎn)去泛素化SQSTM1。

3. USP8抑制了SQSTM1野生型細(xì)胞的自噬流,但抑制了其突變體K420的自噬流。

結(jié)論:

USP8通過在K420位點(diǎn)去泛素化SQSTM1,成為自噬的負(fù)調(diào)控因子。


速度看fig(s)~

Fig1:USP8與自噬受體SQSTM1相互作用:

為何選擇USP8與SQSTM1作為研究對象?


SQSTM1被鑒定為非典型蛋白激酶C亞型的支架蛋白,定位于溶酶體靶向的內(nèi)吞體。推測內(nèi)含體相關(guān)的去泛素化酶可能調(diào)節(jié)SQSTM1的泛素化。USP8/UBPY同樣位于內(nèi)吞體,可調(diào)節(jié)包括表皮生長因子(EGF)受體在內(nèi)的許多蛋白質(zhì)的內(nèi)體分選。因此推測USP8可能與SQSTM1相互作用并調(diào)節(jié)其泛素化。

作者通過co-ip、GST pulldown、截斷式co-IP、免疫熒光共定位等方式,結(jié)果都指向USP8與自噬受體SQSTM1有結(jié)合關(guān)系。



Fig2:USP8在體外和體內(nèi)均能去泛素化SQSTM1:

考慮到USP8是一種去泛素化酶,接下來作者確定USP8是否在體內(nèi)和體外都可以作為去泛素酶作用于SQSTM1的去泛素化。體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)都驗(yàn)證了USP8顯著降低了SQSTM1泛素化的水平(圖2a、b)。

后續(xù)實(shí)驗(yàn)觀察到USP8能夠減少蛋白酶體抑制和熱休克等應(yīng)激條件下脅迫條件誘導(dǎo)的SQSTM1的泛素化(圖2D)。泛素化的SQSTM1,連同泛素化的載體,不斷被招募到生長中的自噬體中進(jìn)行溶酶體降解。在基礎(chǔ)條件下,細(xì)胞中幾乎沒有被泛素化的SQSTM1。在BafA1(一種通過阻斷自噬體/溶酶體融合來抑制自噬的抑制劑)處理的MEF中敲除內(nèi)源性USP8,顯著增強(qiáng)了內(nèi)源性SQSTM1的泛素化種類(圖2E)。這些結(jié)果表明USP8是一個SQSTM1去泛素酶。


Fig3:USP8優(yōu)先從SQSTM1中去除k11連接的泛素鏈:

冷知識:泛素蛋白本身攜帶7個賴氨酸殘基,已經(jīng)鏈接到底物蛋白上的泛素分子的賴氨酸殘基可以繼續(xù)發(fā)生泛素化修飾,形成泛素鏈。據(jù)報道,SQSTM1可被K29、K33、K48和K63連接的多聚泛素鏈修飾。而USP8已被證明可以去除K48、K63、K11和K6連接的泛素鏈。

但作者的結(jié)果證實(shí)USP8可以顯著抑制WT和K11泛素鏈的泛素化,較小程度上抑制K48和K63泛素化,對其他的泛素鏈無影響(圖3a)。

在敲除USP8的細(xì)胞中,只有K11鏈接的泛素鏈中SQSTM1泛素化顯著上調(diào)(圖3b),而USP8敲低并沒有增加細(xì)胞中內(nèi)源性SQSTM1的K63和K48連接的多泛素化(圖3c)。

得出結(jié)論,USP8會優(yōu)先從SQSTM1中去除K11鏈接的泛素綴合物。


Fig4:USP8主要在K420位點(diǎn)去泛素化SQSTM1:

前期質(zhì)譜分析發(fā)現(xiàn)SQSTM1上有多個泛素化位點(diǎn),包括PB1和UBA結(jié)構(gòu)域內(nèi)的賴氨酸殘基。接下來作者想判斷SQSTM1的哪些賴氨酸殘基可能受到USP8的影響。有報道稱,UBA結(jié)構(gòu)域中的K420殘基是SQSTM1上的主要泛素化位點(diǎn)。K420的泛素化增強(qiáng)了SQSTM1的隔離活性和選擇性自噬。因此,作者開始研究USP8對K420泛素化的影響。

與野生型SQSTM1相比,SQSTM1K420R突變體上附著的HA-Ub數(shù)量顯著減少,但USP8過表達(dá)對SQSTM1K420R突變體的泛素化沒有明顯影響。在敲除USP8的細(xì)胞中,只有K11鏈接的泛素鏈中SQSTM1泛素化顯著上調(diào)(圖4a)。正如預(yù)期的那樣,USP8過表達(dá)對K48或K63連接的SQSTM1K420R的泛素化沒有顯著影響。

KEAP1 (kelch-like ECH-associated protein 1)最近被證明在K420處泛素化SQSTM1,以增強(qiáng)SQSTM1的螯合活性和自噬降解。作者試圖確定USP8是否與KEAP1競爭SQSTM1在K420位點(diǎn)的泛素化。USP8過表達(dá)抑制了KEAP1過表達(dá)引起的野生型SQSTM1的泛素化作用。這種效應(yīng)在SQSTM1K420R突變體中沒有觀察到(圖4c)。因此,USP8拮抗KEAP1使SQSTM1在K420位點(diǎn)泛素化。總的來說,這些結(jié)果表明USP8主要去除SQSTM1在K420位點(diǎn)的泛素化。


Fig5:USP8抑制SQSTM1的自噬降解:

有報道稱,SQSTM1的K420處泛素化可增強(qiáng)SQSTM1的隔離活性和自噬降解。前面已經(jīng)驗(yàn)證了USP8在K420殘基上去泛素化SQSTM1。作者推斷USP8可能有調(diào)控SQSTM1的自噬降解的作用。

通過過表達(dá)USP8和敲降,還有分析SQSTM1蛋白的半衰期,作者發(fā)現(xiàn)USP8在維持SQSTM1蛋白的穩(wěn)定性中發(fā)揮了關(guān)鍵作用。而SQSTM1的降解主要是通過自噬介導(dǎo)的,因此自噬途徑的破壞會導(dǎo)致細(xì)胞中SQSTM1蛋白的積累。

但USP8敲除并沒有導(dǎo)致自噬缺失的ATG7-/- mef中SQSTM1蛋白水平的降低。這些結(jié)果表明USP8可以保護(hù)SQSTM1免受自噬降解。


Fig6:USP8負(fù)調(diào)控自噬:

SQSTM1在其UBA域的K420位點(diǎn)泛素化增強(qiáng)了SQSTM1介導(dǎo)的泛素化載體招募到自噬體進(jìn)行降解。SQSTM1是一種眾所周知的選擇性自噬底物,SQSTM1的減少被認(rèn)為是自噬通量增加的指標(biāo)。USP8在K420位點(diǎn)去泛素化SQSTM1并抑制其自噬降解,提示USP8可能在自噬小體的形成和自噬通量中發(fā)揮重要作用。

場外:BafA1可阻止自噬體-溶酶體融合,隨后導(dǎo)致LC3-II的積累,它與自噬體膜緊密結(jié)合,并作為自噬的標(biāo)志。

BafA1導(dǎo)致了LC3-II的累積,過表達(dá)USP8降低了LC3-II的累積(圖6a)。敲低USP8,細(xì)胞中LC3-II的水平升高(圖6b)。而在硼替佐米處理后,USP8敲除的HeLa細(xì)胞比對照組的細(xì)胞產(chǎn)生了更大的SQSTM1聚集物(圖6c)。USP8敲低顯著增加了自噬溶酶體的形成,這表明USP8敲除顯著增加了自噬溶酶體的形成(圖6d)。總的來說,這些結(jié)果表明USP8是基礎(chǔ)自噬的負(fù)調(diào)控因子。


Fig7:USP8通過直接去泛素化SQSTM1的K420來調(diào)節(jié)SQSTM1的降解和自噬:

自噬的激活可以誘導(dǎo)SQSTM1降解,USP8可能通過調(diào)節(jié)其他底物影響SQSTM1降解和自噬。接下來,作者嘗試研究USP8是否通過在K420位點(diǎn)去泛素化SQSTM1來影響SQSTM1蛋白水平和自噬。

敲除USP8對sqstm1?/-mef中的LC3-II水平無顯著影響(圖7a);而USP8過表達(dá)并沒有明顯改變這些細(xì)胞中SQSTM1K420R突變體中LC3-II的水平。這些結(jié)果表明USP8通過在K420使SQSTM1去泛化來調(diào)節(jié)SQSTM1的活性和自噬。


好了,以上就是本期文章的全部內(nèi)容了~

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我們下期再見~

    


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