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實驗中如何使用過表達(dá),RNAi,CRISPR技術(shù)有效調(diào)控基因表達(dá)

2025-03-12 16:54:36

來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺

Question:實驗中如何使用過表達(dá)(普拉特澤生物提供長期穩(wěn)定的分子、細(xì)胞實驗外包服務(wù))

   答:一.常用基因操作方法包括:基因過表達(dá),RNAi,CRISPR/CAS9
二.基因功能的基本研究方式

1. 對目的基因的操作:


表達(dá)上調(diào),表達(dá)下調(diào),使用激動劑;抑制劑;基因突變;

表達(dá)從無到有,從有到無;從低到高;從高到低等


2. 對目的基因進(jìn)行操作后對功能(表型)進(jìn)行檢測:


生長、凋亡、氧化應(yīng)激、炎癥、細(xì)胞周期、血管新生、增值、遷移等等


3. 傳統(tǒng)研究基因功能的方式


A.將基因轉(zhuǎn)入到目的細(xì)胞中使得基因的表達(dá)量上調(diào),再看細(xì)胞的功能表型

實驗方法是將目的基因的CDS區(qū)也就是編碼區(qū)構(gòu)建到載體上,再將這個載體導(dǎo)入到目的細(xì)胞中,能夠使得目的基因在細(xì)胞中的表達(dá)量上升

1.存在的問題

①載體容量有限,對于大片段目的基因不適用

②若研究的目的基因再細(xì)胞內(nèi)的本底水平已經(jīng)很高的話,外源表達(dá)的基因超過了細(xì)胞內(nèi)所需要的量從而沒有辦法體現(xiàn)目的基因的功能


B.RNAi


RNAi:是指通過反義RNA與正鏈RNA形成雙鏈RNA特異性地抑制靶基因的現(xiàn)象??梢酝ㄟ^人為地引入與內(nèi)源靶基因具有相同序列的雙鏈RNA(有義RNA和反義RNA),從而誘導(dǎo)內(nèi)源靶基因的mRNA降解,達(dá)到阻止基因表達(dá)的目的。(在細(xì)胞內(nèi)本底表達(dá)非常低的基因不適用)

C.CRISPR-CAS9

前幾期草莓分享過客關(guān)于CRISPR-CAS9的技術(shù)原理,感興趣的可以往前幾期看看


CRISPR-CAS9與RNAi的對比:

RNAi和CRISPR-Cas9在作用水平、靶位點范圍、靶蛋白消除水平以及靶蛋白功能等方面存在顯著差異。選擇哪種技術(shù)取決于具體的研究目的和實驗需求。


D.使用CRISPR-CRISPRa系統(tǒng)實現(xiàn)基因的過表達(dá)

在CRISPRa技術(shù)中,使用的是dCas9蛋白,這是一種經(jīng)過改造的Cas9蛋白,其核酸酶活性被失活,因此無法切割DNA。然而,dCas9蛋白仍然能夠保留其DNA結(jié)合能力,即能夠特異性地識別并結(jié)合到目標(biāo)DNA序列上。為了實現(xiàn)基因轉(zhuǎn)錄激活,dCas9蛋白被進(jìn)一步改造,與特定轉(zhuǎn)錄激活因子(VP64,MS2等)相融合。當(dāng)我們把gRNA的設(shè)計在某個基因的啟動子上,那么這些轉(zhuǎn)錄因子就一股腦的到了這個啟動子附近,這些轉(zhuǎn)錄激活因子通常具有上調(diào)啟動子的活性,增加轉(zhuǎn)錄

CRISPRa與傳統(tǒng)基因過表達(dá)方法的對比

CRISPRa的優(yōu)點:


高特異性:CRISPRa利用dCas9與sgRNA的特異性結(jié)合,能夠精確地激活目標(biāo)基因

調(diào)控細(xì)致:該技術(shù)能夠在基因的自然位點上調(diào)控表達(dá),避免了傳統(tǒng)過表達(dá)方法中可能出現(xiàn)的非生理水平的表達(dá),使得調(diào)控更為細(xì)致和準(zhǔn)確。

不改變基因組背景:CRISPRa技術(shù)不直接改變內(nèi)源基因組序列,僅通過轉(zhuǎn)錄激活來上調(diào)基因表達(dá),減少了潛在的安全風(fēng)險。

多基因調(diào)控能力:通過設(shè)計多條sgRNA,CRISPRa可以同時激活多個靶基因,為復(fù)雜基因網(wǎng)絡(luò)的研究提供了有力工具。


CRISPRa的缺點:


激活效率不完全:盡管CRISPRa具有較高的特異性,但激活效率可能不完全,有時無法達(dá)到預(yù)期的基因表達(dá)水平。

脫靶效應(yīng)風(fēng)險:雖然CRISPRa的特異性較高,但仍存在脫靶效應(yīng)的風(fēng)險,即可能錯誤地激活非目標(biāo)基因的表達(dá)。


傳統(tǒng)基因過表達(dá)方法的優(yōu)點:


實驗操作簡單:傳統(tǒng)基因過表達(dá)方法的實驗步驟相對簡單,通常只需構(gòu)建包含目標(biāo)基因的質(zhì)粒并導(dǎo)入細(xì)胞即可。

激活效率高:由于直接導(dǎo)入外源基因,傳統(tǒng)過表達(dá)方法通常具有較高的激活效率,能夠迅速提高目標(biāo)基因的表達(dá)水平。


傳統(tǒng)基因過表達(dá)方法的缺點:

調(diào)控不細(xì)致:傳統(tǒng)過表達(dá)方法往往難以模擬生理條件下的基因表達(dá)模式,調(diào)控細(xì)致度較低。

擴(kuò)增CDS可能受限于序列

可能產(chǎn)生免疫反應(yīng)
冰凍三尺,非一日之寒,普拉特澤致力于幫助廣大科研工作者解決科研實驗中的各方面問題,不但授人以魚,亦授人以漁。

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